依据对微生物控制的程度，洁净动物房可分为开放体系、屏障体系和阻隔体系3类。开放体系养殖一般动物;屏障体系养殖无特定病原动物（ SPF动物）；阻隔体系养殖无菌动物及悉生动物。一般除一般动物房外均为洁净动物房。
选址：洁净动物房应建在环境清洁安静，地势高燥，排水、通风良好，水、电供应有保障的当地。尽量远离工厂、繁华居民区、屠宰厂、畜禽场，以及有疫源要挟和公害污染的地区。出产和科研单位的动物房宜单独建筑在一个小区内，与其他部门阻隔。
SPF级洁净动物房
布局：洁净动物房一般由养殖室、健康调查室、阻隔检疫室、各种试验室（外科手术、试验处理解剖、术后办理、疾病诊断、治疗、生理生化检查、微生物检疫、饲料养分剖析和特别饲料的调制室等），以及贮藏室、清洁预备室、洗涤消毒室、工作人员用房（包含办公室、淋浴室、更衣室等）、走廊(清洁区和污染区)、废弃物处理设施、机房和变电所等组成。其平面布置，应使人、动物和物品的活动路线合理，作业便利。严厉区分清洁区域和污染区域，以保证人和动物的健康，保证试验的准确性（人、动物和物品的活动路线见图）。养殖室的平面尺寸依据养殖量、养殖方法，笼具架规格、排列方法、室内环境、养殖办理及操作方法等综合研讨确认。为了防止温、湿度在笔直方向呈现梯度,笼架高度不宜超过1.8米,顶棚高应在2.2～3米范围内。走廊宽度要便于操作和转移物料及器件,以不小于1.3米为宜。清洁预备室的巨细,须依据作业内容和消毒灭菌装置等设施占用的空间确认。
建筑：试验动物房不该受到外环境污染，应有较高的洁净度，并且为密闭、室内墙壁、顶棚、地面应光滑易清洁，不留死角，尽量少开洞。因此，传统做法是在试验室的建设中，其墙面、顶棚均选用防火彩钢板，地面为环氧树脂自流平3㎜厚，接口密封后选用铝合圆角处理。
气压：洁净动物房要求无菌、无污染性及其对工作人员及外环境基本不产生危害，它在气压、气流设计安排上应为有高到低即：清洁走廊（50Pa）→工作室（35Pa）→污染走廊（20Pa）→前处理室（10Pa），通过集中排风管道，经适当中和处理排向大气。此外由于试验动物在其调查养殖及试验阶段对其生活环境条件具有较高的要求，在洁净度、温度、湿度、风速、照度等方面要求较高，因此在其设计和建造中也是应该考虑的重要因素之一。
消毒：物料进出试验室要消毒处理，洁净动物房一般选择过墙传递式高压灭菌消毒锅。
